┌─ Escherichia coli (14-393/409) O26:H11 str. 11368 ┌┴─ Escherichia coli (14-393/409) O103:H2 str. 12009 ┌┴─ Escherichia coli (14-393/409) IAI39 (1) ┌┴─ Escherichia coli (14-393/409) 1044A (7) ┌┴─ Escherichia coli (14-393/409) CFT073 ┌┴─ Escherichia coli (14-393/409) 1125A (13) ┌┴─ Escherichia coli (14-393/409) E110019 (1) ┌─┴─┬─ Escherichia coli (18-393/409) 042 (1) │ └┬─ Escherichia coli (18-393/409) E110019 (1) ┌─┤ └┬─ Escherichia coli (14-389/405) ED1a (1) │ │ └─ Escherichia coli (14-389/405) O26:H11 str. 11368 ┌───┤ └── Escherichia coli (14-393/409) E110019 (1) │ │ ┌─ Escherichia coli (17-395/412) MS 175-1 │ └──┤ ┌─ Escherichia coli (17-395/412) O157:H7 str. EC4401 (1) │ └┬┴─ Escherichia coli (17-393/407) O157:H7 str. EC4501 (1) ┌─────────────┤ └┬─ Escherichia coli (17-395/412) F11 (2) │ │ └┬─ Escherichia coli (17-395/412) 53638 (1) │ │ └┬─ Escherichia coli (17-395/412) TA280 ┌───┤ │ └─ Escherichia coli (17-395/412) IHE3034 (1) │ │ └────── Escherichia coli (23-392/406) SMS-3-5 │ └────────────────┬─ Escherichia coli (6-394/398) TA206 ┌─────┤ └┬─ Escherichia coli (6-394/398) M605 │ │ └─ Escherichia coli (6-392/398) B185 │ └─┬────────────── Escherichia coli (420-793/807) 042 (1) │ └────┬────────────── Escherichia coli (17-405/413) MS 124-1 (1) ┌────────┤ └────────┬─ Escherichia coli (61-440/455) WV_060327 │ │ └┬─ Escherichia coli (17-396/411) H299 ┌────┤ │ └─ Escherichia coli (17-396/411) O83:H1 str. NRG 857C │ │ └──────────────────── Escherichia coli (11-381/385) MS 146-1 ┌─────┤ └────────────────────────── Escherichia coli (31-410/416) E22 (4) │ └───────┬────────────────────── Escherichia coli (13-390/396) MS 21-1 │ └─────────────┬──────────── Escherichia coli (13-379/389) 1125A (12) │ └────────┬─ Escherichia coli (13-383/392) MS 21-1 │ └┬─ Escherichia coli (13-383/392) O111:H- str. 11128 │ └┬─ Escherichia coli (13-383/392) MS 78-1 ┌─────┤ └─ Escherichia coli (13-383/392) 1212A (16) │ │ ┌─ Escherichia coli (38-449/451) F11 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (26-437/439) 536 (2) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (26-437/439) H736 (1) │ │ ┌─────────────────────────────────────┴─ Escherichia coli (26-437/439) MS 175-1 │ └───────────────┤ ┌─ Escherichia coli (13-398/407) O157:H7 str. FRIK966 │ └─────────────────────┤ ┌─ Escherichia coli (13-398/407) H591 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (13-398/407) ETEC H10407 (2) │ └┬┴─ Escherichia coli (13-398/412) MS 182-1 │ └┬─ Escherichia coli (13-398/404) APEC O1 (10) │ └┬─ Escherichia coli (13-398/407) MS 187-1 │ └─ Escherichia coli (13-398/407) O103:H2 str. 12009 │ ┌─ Escherichia coli (23-407/417) MS 21-1 │ ┌┴─ Escherichia coli (23-407/419) MS 182-1 │ ┌┴─ Escherichia coli (23-407/419) 2362-75 │ ┌┴─ Escherichia coli (51-435/447) 042 (1) │ ┌┴─┬── Escherichia coli (14-407/420) 1125A (2) ┤ ┌─┤ └─ Escherichia coli (34-427/440) O157:H7 str. EC4501 (1) │ ┌───┤ └── Escherichia coli (23-406/417) 83972 (1) │ │ └──┬─ Escherichia coli (37-444/453) E2348/69 (1) │ ┌──────────────────────────┤ └─ Escherichia coli (3-410/419) TA206 │ │ └──────── Escherichia coli (6-408/423) E2348/69 (1) │ │ ┌─ Escherichia coli (2-396/416) MS 198-1 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (2-396/418) ETEC H10407 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (2-392/416) FVEC1302 │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (2-396/416) IHE3034 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (2-392/416) IAI39 (1) │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli (2-392/418) MS 196-1 │ │ ┌─┤└─ Escherichia coli (2-396/418) APEC O1 (1) │ │ ┌──────────┤ └─ Escherichia coli (2-392/415) M605 │ │ │ └── Escherichia coli (2-392/417) E2348/69 (1) │ │ ┌─────────────────┤ ┌─ Escherichia coli (2-391/395) 2362-75 │ │ │ └───────┬┴── Escherichia coli (2-391/402) B7A (1) │ │ │ └─┬─ Escherichia coli (11-391/395) HS (1) └─────┤ │ └┬─ Escherichia coli (11-391/396) MS 115-1 │ │ └─ Escherichia coli (11-391/396) B354 │ │ ┌─ Escherichia coli (2-384/391) WV_060327 │ │ ┌──────────────────────┴─ Escherichia coli (2-384/391) SE15 │ │ │ ┌─ Escherichia coli (8-409/413) 53638 (1) │ │ │ ┌─┴─ Escherichia coli (8-409/413) B185 │ │ │ ┌┴── Escherichia coli (8-409/414) 042 (1) │ │ │ ┌─────────┴─┬─ Escherichia coli (8-409/413) O111:H- str. 11128 │ │ │ ┌─┤ └─ Escherichia coli (8-409/413) ED1a (3) │ │ │ │ └──────┬─ Escherichia coli (8-393/403) M605 │ │ │ ┌──┤ └┬── Escherichia coli (8-393/398) ATCC 8739 │ │ │ │ │ └─ Escherichia coli (8-391/395) B185 │ │ │ │ └───────┬─── fig|6666666.5357.peg.4073 TY-2482 (8-405/413) strain (5) │ │ │ │ └┬─ Escherichia coli (8-393/396) WV_060327 └──────┤ │ │ └┬─ Escherichia coli (8-408/413) MS 146-1 │ │ ┌───┤ └┬─ Escherichia coli (8-408/413) MS 115-1 │ │ │ │ └┬─ Escherichia coli (8-403/413) str. K-12 substr. DH10B (1) │ │ │ │ └─ Escherichia coli (8-403/413) K12 (5) │ │ │ │ ┌── Escherichia coli (21-418/423) 042 (2) │ │ │ └──────────────┤ ┌─ Escherichia coli (7-404/409) MS 78-1 │ │ ┌─────┤ └┬┴─ Escherichia coli (7-401/409) 101-1 (6) │ │ │ │ └┬─ Escherichia coli (21-415/423) ETEC H10407 │ │ │ │ └─┬─ Escherichia coli (21-415/423) B088 (13) │ │ ┌───┤ │ └─ Escherichia coli (21-415/423) O55:H7 str. CB9615 │ │ │ │ └──────────────────────────── Escherichia coli (6-396/412) 1125A (3) │ │ │ │ ┌──────────────────── Escherichia coli (36-420/425) E2348/69 (1) │ │ │ └────────────────────┤ ┌─ Escherichia coli (9-395/402) SMS-3-5 │ │ │ │ ┌┴─ fig|6666666.5357.peg.1533 TY-2482 (9-395/405) strain │ │ │ └────────────────┬┴─ Escherichia coli (9-395/405) E2348/69 (1) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (9-395/400) 1044A (26) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (9-395/400) MS 116-1 (4) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (9-395/400) UM146 (2) └────┤ │ └┬─ Escherichia coli (9-395/400) IHE3034 (1) │ │ └─ Escherichia coli (9-395/400) 83972 (4) │ │ ┌─ Escherichia coli (1-389/394) IAI39 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-389/394) MS 182-1 │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-389/394) 101-1 (8) │ │ ┌┤ └─ fig|1040638.4.peg.393 O104:H4 (1-389/394) str. LB226692 │ │ ┌┤└─ Escherichia coli (1-389/394) TA280 │ │ │└┬─ Escherichia coli (25-423/427) 83972 (2) │ │ ┌┤ └┬─ Escherichia coli (25-413/417) O157:H7 str. EC508 │ │ ││ └─ Escherichia coli (25-413/417) 1044A (24) │ │ ┌┤└┬─ Escherichia coli (1-389/396) ETEC H10407 │ │ ││ └─ Escherichia coli (1-389/396) H299 │ │ ┌─┤└─ Escherichia coli (1-402/404) B7A (1) │ │ ┌─┤ └─ Escherichia coli (1-389/393) 536 (1) │ │ │ └──┬─ Escherichia coli (33-421/439) KO11 (2) │ │ ┌──┤ └─ Escherichia coli (1-389/399) MS 145-7 │ │ │ │ ┌─ Escherichia coli (1-386/389) O26:H11 str. 11368 │ │ │ └─────┤┌─ Escherichia coli (1-386/390) MS 185-1 │ │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (1-384/395) F11 (1) │ │ │ └┬┴─ Escherichia coli (1-386/391) ATCC 8739 (1) │ │ ┌┤ └┬─ Escherichia coli (1-386/395) O157:H7 str. EC869 (2) │ │ ││ └┬─ Escherichia coli (1-386/393) 042 (1) │ │ ││ └┬─ Escherichia coli (1-367/369) E110019 │ │ ││ └─ Escherichia coli (1-386/387) SMS-3-5 │ │ ┌┤└───┬─────── Escherichia coli (1-393/397) MS 115-1 │ │ ││ └─────── Escherichia coli (14-417/417) ED1a (1) │ │ ││ ┌───────── Escherichia coli (17-404/407) SE15 │ │ │└──┤ ┌─ Escherichia coli (1-386/392) MS 145-7 │ │ │ └─────┬┴── Escherichia coli (1-386/391) WV_060327 └────┤ ┌┤ └┬─ Escherichia coli (18-403/410) O55:H7 str. CB9615 │ ││ └┬─ Escherichia coli (1-386/393) O157:H7 str. EC4024 (1) │ ││ └─ Escherichia coli (18-403/410) 1044A (13) │ ││ ┌─────────── Escherichia coli (1-389/396) MS 124-1 (1) │ │└─┤ ┌───── Escherichia coli (1-388/396) TA206 │ │ └──┤ ┌─ Escherichia coli (14-401/415) HS (1) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-384/394) SMS-3-5 │ ┌─┤ └─┬────┴─ Escherichia coli (1-389/396) SE11 │ │ │ └──┬─ fig|1040638.4.peg.5408 O104:H4 str. LB226692 (3) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-402/404) 83972 (1) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-402/404) ETEC H10407 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-402/404) MS 124-1 (1) │ │ │ └─ Escherichia coli (1-402/404) NC101 │ │ │ ┌────────────────── Escherichia coli (1-389/393) ED1a (1) │ ┌───┤ └───┤ ┌─ Escherichia coli (1-389/396) TA280 │ │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-389/392) MS 21-1 │ │ │ └─────┤ ┌─ Escherichia coli (1-389/396) MS 124-1 │ │ │ └┬┴─ Escherichia coli (1-389/396) MS 84-1 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-389/394) E24377A (1) │ │ │ └─ Escherichia coli (1-389/394) SMS-3-5 │ │ │ ┌─ Escherichia coli (2-381/385) FVEC1302 (1) │ │ └────────────────────┤┌─ Escherichia coli (2-381/385) KO11 (2) │ │ ││ ┌─ Escherichia coli (14-393/397) 1044A (24) │ │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (14-393/397) O55:H7 str. CB9615 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (2-381/385) IAI39 (1) │ │ │┌┴─ Escherichia coli (2-381/385) O26:H11 str. 11368 │ ┌──┤ └┤┌─ Escherichia coli (2-381/385) TA271 │ │ │ ││ ┌─ Escherichia coli (14-393/397) TA143 │ │ │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (14-393/397) H591 │ │ │ │┌┴─ Escherichia coli (2-381/385) B7A (1) │ │ │ └┤┌─ Escherichia coli (2-381/385) K12 (14) │ │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (14-393/397) B354 │ │ │ └┬┴─ fig|1040638.4.peg.3437 O104:H4 (14-390/394) str. LB226692 │ │ │ └┬─ fig|6666666.5357.peg.3503 TY-2482 (2-383/385) strain (2) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (2-381/385) E2348/69 (1) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (2-381/385) MS 119-7 │ │ │ └─ Escherichia coli (2-381/385) B088 │ │ └───────────────────┬─ Escherichia coli (33-424/428) ATCC 8739 (1) └─┤ └─┬─ Escherichia coli (6-391/402) MS 187-1 │ └─ Escherichia coli (35-431/431) K12 (5) │ ┌─ Escherichia coli (1-402/421) TA280 │ ┌┴─ Escherichia coli (1-416/420) O26:H11 str. 11368 │ ┌┴┬── Escherichia coli (1-403/424) O157:H7 str. EC869 (2) │ ┌──┤ └─ Escherichia coli (1-402/422) IHE3034 (1) │ ┌──┤ └─ Escherichia coli (1-403/418) EC4100B │ ┌─────┤ └─────── Escherichia coli (8-414/427) MS 116-1 (1) │ │ └──────────── Escherichia coli (25-427/445) M605 │ │┌────────────── Escherichia coli (25-424/443) MS 145-7 │ ││ ┌─ fig|1040638.4.peg.3509 O104:H4 (1-402/420) str. LB226692 (9) │ ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-402/420) H299 └─────────┤│ ┌┴─ Escherichia coli (1-402/420) IAI39 (2) ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-402/420) FVEC1302 (1) ││ ┌──┴─ Escherichia coli (1-402/420) ED1a (1) ││ ┌──────┴── Escherichia coli (1-401/423) 536 (13) ││┌────┴───────┬──── Escherichia coli (1-406/420) WV_060327 └┤│ └───── Escherichia coli (2-401/420) TA206 ││ ┌─ Escherichia coli (1-400/421) ETEC H10407 (4) ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-400/421) ED1a (1) ││ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-401/421) M718 ││ ┌──┤ └─ Escherichia coli (1-401/421) 55989 (5) ││ │ └┬─ Escherichia coli (1-406/420) UTI89 (1) ││ ┌┤ └┬─ Escherichia coli (1-406/420) 536 (1) ││ ││ └─ Escherichia coli (1-406/420) 83972 (4) ││ ┌┤└─┬─ Escherichia coli O103:H2 str. 12009 └┤ ││ └─ Escherichia coli TA271 │ │└─┬─── Escherichia coli (1-402/422) W (1) │ ┌┤ └┬── Escherichia coli (1-401/417) 042 (1) │ ││ └─ Escherichia coli (1-401/422) B7A (1) │ ┌┤└──── Escherichia coli (1-402/421) KO11 (2) │ │└───┬─ Escherichia coli (1-404/416) IAI1 (1) │ ┌─┤ └─ Escherichia coli (1-403/416) MS 115-1 │ │ │ ┌──── Escherichia coli (1-401/415) MS 115-1 │ │ └┬─┴────── Escherichia coli (1-401/420) MS 107-1 │ │ └───────────┬─── Escherichia coli (1-413/424) ED1a (1) │ │ └─┬─ Escherichia coli (1-413/424) O111:H- str. 11128 └─┤ └─ Escherichia coli (23-435/444) E2348/69 (2) │ ┌──── Escherichia coli (1-401/417) MS 115-1 │ │ ┌─ Escherichia coli (1-401/421) MS 124-1 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-401/420) M718 │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-401/421) MS 200-1 │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli (1-401/421) MS 185-1 └──┤ │└─ Escherichia coli (1-401/420) MS 107-1 │ │ ┌─ Escherichia coli (1-401/421) B171 (12) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-401/421) 1044A (25) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-401/420) ED1a (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-401/420) MS 107-1 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-401/421) ATCC 8739 (1) └───┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-406/420) CFT073 (1) │ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-401/421) IAI39 (1) │ │ └┬─ Escherichia coli (1-406/420) IAI39 (1) │┌┤ └─ Escherichia coli (1-406/420) APEC O1 (3) ││└─ Escherichia coli (1-401/420) NC101 ││ ┌─ Escherichia coli (1-401/421) EC4100B ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-399/419) O111:H- str. 11128 └┤┌┴─ Escherichia coli (1-399/420) MS 187-1 ││ ┌─ Escherichia coli (1-401/420) E24377A (1) ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-401/421) 536 (3) ││ ┌┴─ fig|1040638.4.peg.2500 O104:H4 (1-401/420) str. LB226692 (4) └┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-401/421) 042 (1) │ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-401/420) H299 │ │ └┬─ Escherichia coli (1-401/420) 2362-75 │┌┤ └─ fig|1040638.4.peg.832 O104:H4 (1-406/420) str. LB226692 (2) ││└─ Escherichia coli (1-406/421) O26:H11 str. 11368 └┤ ┌─ Escherichia coli (1-401/420) B185 │┌┴─ Escherichia coli (1-401/421) M605 └┤ ┌─ Escherichia coli (1-401/420) ATCC 8739 (1) │ ┌┴─ Escherichia coli (1-401/420) H591 └┬┴─ Escherichia coli (1-401/420) ED1a (1) └┬─ Escherichia coli (1-401/421) CFT073 (1) └┬─ Escherichia coli (1-401/421) 83972 (4) └┬─ Escherichia coli (1-401/421) MS 21-1 └─ Escherichia coli (1-401/421) FVEC1302 (3)
| Integrase | (101) |
| Phage integrase | (27) |
| Phage integrase, Phage P4-associated | (26) |
| Phage Integrase | (18) |
| integrase-like protein | (11) |
| Putative integrase | (10) |
| Prophage CP4-57 integrase | (10) |
| FIG016809: Prophage P4 integrase | (8) |
| site-specific recombinase, phage integrase family | (5) |
| COG0582: Integrase | (4) |
| putative prophage integrase | (3) |
| phage integrase family protein | (2) |
| prophage P4 integrase | (1) |
| putative P4-type integrase | (1) |
| putative phage integrase | (1) |
| Putative prophage Sf6-like integrase | (1) |
| IS, phage, Tn; Phage-related functions and prophages | (1) |
| putative integrase prophage protein | (1) |
| Putative P4-family integrase | (1) |
| Prophage P4 integrase | (1) |
| Others | (9) |