┌─ Escherichia coli (31-314/323) IAI39 (2) ┌┴─ Escherichia coli (31-314/323) TA143 ┌┴─ Escherichia coli (31-314/323) MS 21-1 (1) ┌┴─ Escherichia coli (31-314/323) B185 ┌┴─ Escherichia coli (31-314/323) K12 (16) ┌┴─ fig|1040638.4.peg.2153 O104:H4 (31-314/323) str. LB226692 (32) ┌┴┬─ Escherichia coli (31-314/323) E110019 (1) ┌┤ └─ Escherichia coli (31-314/323) O111:H- str. 11128 │└┬─ Escherichia coli (31-314/323) M605 (1) │ └┬─ Escherichia coli (31-314/323) 2362-75 (2) │ └┬─ Escherichia coli (31-314/323) F11 (2) ┌┤ └┬─ Escherichia coli (31-314/323) ED1a (3) ││ └┬─ Escherichia coli (31-314/323) APEC O1 (7) ┌┤│ └─ Escherichia coli (31-314/323) 83972 (5) ││└─ Escherichia coli (31-314/323) 1827-70 (4) ┌┤└─ Escherichia coli (31-314/323) 53638 (1) ┌────────────────────────────────────────────┤└─ Escherichia coli (31-314/323) 1044A (25) │ └─ Escherichia coli (31-323/323) H299 ┌──────┤ ┌─ Escherichia coli (3-289/308) MS 119-7 │ └────────────────────────────────────────────┤┌─ Escherichia coli (3-289/308) SMS-3-5 │ └┤ ┌─ Escherichia coli (3-289/308) ETEC H10407 │ │┌┴─ Escherichia coli (3-289/308) TA280 │ └┤┌─ Escherichia coli (3-289/308) K12 (65) │ ││┌─ Escherichia coli (7-289/308) ATCC 8739 (1) │ └┤│ ┌─ Escherichia coli (3-289/308) O83:H1 str. NRG 857C (1) │ ││ ┌┴─ Escherichia coli (3-289/308) APEC O1 (7) │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (3-289/308) 2362-75 (16) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (3-289/308) NC101 (1) │ │┌┴─ Escherichia coli (3-289/308) H299 │ └┤┌─ Escherichia coli (3-289/308) HS (1) │ └┤ ┌─ Escherichia coli (3-289/308) B185 │ └┬┴─ Escherichia coli (3-289/308) FVEC1302 (3) │ └┬─ Escherichia coli (3-289/308) O103:H2 str. 12009 │ └─ fig|6666666.5357.peg.4889 TY-2482 (3-289/308) strain (11) │ ┌─ Escherichia coli (2-283/317) 042 (51) │ ┌┴─ Escherichia coli (2-283/317) 83972 (12) │ ┌┴─ Escherichia coli (2-283/317) M718 │ ┌┴─ Escherichia coli (2-283/317) K12 (56) │ ┌┴─ Escherichia coli (2-283/317) FVEC1302 (3) │ ┌────────────────────────────────────────────┴─ Escherichia coli (2-283/317) B354 │ │ ┌─ Escherichia coli 1044A (23) │ │ ┌┴─ Escherichia coli O157:H7 EDL933 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli M718 ┤ │ ┌┴─ Escherichia coli B185 │ │ ┌┴─ Escherichia coli B7A (2) │ │ ┌┴─ Escherichia coli E110019 (8) │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli EC4100B │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli B171 (7) │ │ ┌┤└─ fig|1040638.4.peg.4278 O104:H4 str. LB226692 (12) │ │ │└─ Escherichia coli 53638 (1) │ │ ┌┤ ┌─ Escherichia coli B354 │ │ │└┬┴─ Escherichia coli SMS-3-5 │ │ │ └┬─ Escherichia coli MS 21-1 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-290/291) FVEC1302 (3) │ │ ┌┤ └┬─ Escherichia coli (1-290/291) MS 69-1 (2) │ │ ││ └┬─ Escherichia coli (1-290/291) H299 │ │ ││ └─ Escherichia coli (1-290/291) 042 (1) │ │ ┌┤└┬─ Escherichia coli 1827-70 (4) │ │ ││ └┬─ Escherichia coli ETEC H10407 │ │ ┌┤│ └─ Escherichia coli K12 (18) │ │ ││└─ Escherichia coli M605 │ │ ┌┤└─ Escherichia coli SE15 │ │ ┌┤└─ Escherichia coli 536 (22) │ │ ┌────────────────────────────────┤└─ Escherichia coli WV_060327 │ │ │ └┬─ Escherichia coli E2348/69 (1) │ │ │ └─ Escherichia coli 2362-75 │ │ ┌────┤ ┌─ Escherichia coli (1-287/293) O26:H11 str. 11368 │ │ │ │ │┌─ Escherichia coli (16-302/308) B088 │ │ │ └────────────────────────────────────────┤│ ┌─ Escherichia coli (16-302/308) 1044A (25) └───┤ │ ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-287/293) M718 │ │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-287/293) B185 │ │ │┌┴─ Escherichia coli (16-302/308) B171 (15) │ │ ││ ┌─ Escherichia coli (1-287/293) ETEC H10407 │ │ └┤┌┴─ Escherichia coli (1-287/293) MS 115-1 │ │ ││ ┌─ fig|1040638.4.peg.3008 O104:H4 (1-287/293) str. LB226692 (3) │ │ └┤┌┴─ Escherichia coli (16-302/308) B7A (10) │ │ ││ ┌─ Escherichia coli (16-302/308) 042 (1) │ │ └┤┌┴─ Escherichia coli (1-287/293) FVEC1302 (3) │ │ ││ ┌─ Escherichia coli (1-287/293) B354 │ │ ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-287/293) TA280 │ │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-287/293) MS 69-1 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-287/293) TA143 │ │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-287/293) MS 21-1 │ │ │┌┤ └─ Escherichia coli (1-287/293) SMS-3-5 │ │ └┤└─ Escherichia coli (16-302/308) EC4100B │ │ │┌─ Escherichia coli (1-287/293) K12 (24) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (1-287/293) H299 (3) │ │ └┬┴─ Escherichia coli (1-287/293) ED1a (1) │ │ └┬─ Escherichia coli (1-287/293) NC101 │ │ └┬─ Escherichia coli (1-287/293) 536 (12) │ │ └┬─ Escherichia coli (1-287/293) APEC O1 (6) │ │ └─ Escherichia coli (1-287/293) 2362-75 (2) │ │ ┌─ Escherichia coli (3-283/297) KO11 (2) │ │ ┌┴─ fig|1040638.4.peg.3641 O104:H4 (3-283/297) str. LB226692 (3) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (3-283/297) MS 21-1 │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (3-283/297) EC4100B │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli (3-283/297) 042 (50) │ │ │└┬─ Escherichia coli (3-283/297) O111:H- str. 11128 (1) │ │ ┌┤ └┬─ Escherichia coli (3-283/297) 53638 (1) └─┤ ││ └─ Escherichia coli (3-283/297) K12 (22) │ ┌┤└┬─ Escherichia coli (3-283/297) E22 (2) │ ││ └─ Escherichia coli (3-283/297) B171 (1) │ ┌┤└─ Escherichia coli (3-283/297) SMS-3-5 │ ┌┤└─ Escherichia coli (3-283/297) B354 (1) │ │└─ Escherichia coli (3-283/297) O83:H1 str. NRG 857C (1) │ ┌────────────────┤┌─ Escherichia coli (3-283/297) FVEC1302 (5) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (3-283/297) 2362-75 (10) │ │ └┬┴─ Escherichia coli (3-283/297) ED1a (1) │ ┌─────────┤ └┬─ Escherichia coli (3-283/297) E2348/69 (1) │ │ │ └─ Escherichia coli (3-283/297) 83972 (12) │ │ └─────────────────────── Escherichia coli (7-292/294) IAI39 (1) │ ┌───────────┤ ┌─ Escherichia coli (2-292/295) FVEC1302 (5) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (2-292/295) TA280 │ │ │ ┌────────────────────────────┴─ Escherichia coli (2-292/295) B354 │ │ └─────┤ ┌─ Escherichia coli (2-288/297) TA280 │ │ └──────────────────────┤┌─ Escherichia coli (32-318/327) 042 (6) │ │ └┤┌─ Escherichia coli (1-287/296) B354 (2) │ ┌─┤ └┤┌─ Escherichia coli (2-288/297) IAI39 (3) │ │ │ └┤ ┌─ fig|1040638.4.peg.2965 O104:H4 (2-288/297) str. LB226692 (65) │ │ │ └┬┴─ Escherichia coli (2-288/297) B185 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-287/296) K12 (15) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-287/296) E22 (1) │ │ │ └─ Escherichia coli (1-287/296) B7A (4) │ │ └───────────────────────────────┬─ Escherichia coli (1-279/305) M718 │ │ └┬─ Escherichia coli (1-279/305) O55:H7 str. CB9615 │ │ └─ Escherichia coli (1-279/305) K12 (131) │ │ ┌─ Escherichia coli (4-290/317) SE15 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-283/310) M605 │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-283/310) K12 │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli (4-290/317) BW2952 (6) │ │ │└┬─ Escherichia coli (1-283/310) HS (1) │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli (1-283/310) B354 └─────┤ │└┬─ Escherichia coli (4-290/317) B185 (1) │ ┌┤ └─ Escherichia coli (4-290/317) SMS-3-5 │ ┌┤└─ Escherichia coli (4-290/317) MS 21-1 │ │└┬─ Escherichia coli (4-290/317) MS 187-1 │ │ └┬─ fig|6666666.5357.peg.2190 TY-2482 (4-290/317) strain (92) │ ┌┤ └┬─ Escherichia coli (4-290/317) E24377A (2) │ ││ └─ Escherichia coli (25-311/338) 53638 (1) │ ┌┤└─ Escherichia coli (4-290/317) MS 115-1 │ ┌────────────────────────────────────┤└─ Escherichia coli (4-290/317) IAI1 (1) │ ┌─────┤ └─ Escherichia coli (1-283/310) B171 [2] │ │ └────────────────────────────────────── Escherichia coli (3-303/311) MS 119-7 │ │ ┌─ Escherichia coli (9-287/302) E110019 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (9-287/302) B7A (2) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (9-287/302) K12 (7) │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (9-287/302) HS (1) └──┤ │ └┬─ Escherichia coli (9-287/302) 101-1 (52) │ ┌┤ └─ Escherichia coli (9-287/302) M605 │ ┌┤└─ fig|6666666.5357.peg.1333 TY-2482 (9-287/302) strain (21) │ │└┬─ Escherichia coli (9-287/302) MS 69-1 │ ┌─────────────────────────────────────────────┤ └─ Escherichia coli (9-287/302) B354 (1) │ │ └┬─ Escherichia coli (9-287/302) FVEC1302 (3) └─────┤ └─ Escherichia coli (9-287/302) 042 (3) │ ┌─ Escherichia coli (5-285/299) TA280 │ │ ┌─ Escherichia coli (5-285/299) H591 (4) └─────────────────────┤┌┴─ fig|1040638.4.peg.5351 O104:H4 (5-285/299) str. LB226692 (9) ││ ┌─ Escherichia coli (13-293/307) FVEC1302 (3) ││ ┌┴─ Escherichia coli (13-293/307) 042 (1) └┤ ┌┴─ Escherichia coli (13-293/307) TA143 │┌┴─ Escherichia coli (5-285/299) B354 ││ ┌─ Escherichia coli (1-274/288) MS 78-1 └┤ ┌┴─ Escherichia coli (5-285/299) IAI39 (3) │┌┴─ Escherichia coli (13-293/307) B088 (18) ││ ┌─ Escherichia coli (5-285/299) O55:H7 str. CB9615 └┤ ┌┴─ Escherichia coli (5-285/299) 1044A (24) │┌┴─ Escherichia coli (5-285/299) ATCC 8739 (2) └┤ ┌─ Escherichia coli (5-285/299) B185 (1) └┬┴─ Escherichia coli (5-285/299) M718 └┬─ Escherichia coli (5-285/299) K12 (13) └┬─ Escherichia coli (5-277/301) H736 └─ Escherichia coli (33-305/326) MS 146-1
| LysR family transcriptional regulator YfiE | (25) |
| LysR family transcriptional regulator YneJ | (25) |
| LysR family transcriptional regulator YnfL | (20) |
| LysR family transcriptional regulator YhjC | (17) |
| Cyn operon transcriptional activator | (17) |
| LysR family transcriptional regulator YbhD | (15) |
| DNA-binding transcriptional activator of the allD operon | (14) |
| Regulatory protein (induces abgABT, used to catabolize p-aminobenzoyl-glutamate) | (10) |
| Hca operon (3-phenylpropionic acid catabolism) transcriptional activator HcaR | (8) |
| Transcriptional activator MetR | (6) |
| Hydrogen peroxide-inducible genes activator | (3) |
| Transcriptional regulator, LysR family | (1) |
| Xanthosine operon regulatory protein XapR, LysR family | (1) |
| Hypothetical lysR-family transcriptional regulator YbbS | (1) |
| Others | (9) |