┌─ Escherichia coli (15-127/308) APEC O1 (4) ┌┴─ Escherichia coli (3-112/293) ED1a (23) ┌┴┬─ Escherichia coli (15-127/308) 042 [2] ┌┤ └─ Escherichia coli (15-127/308) 1044A (34) ┌┤└─ Escherichia coli (3-112/293) B354 (19) ┌┤└─ Escherichia coli (3-112/293) MS 69-1 ┌┤└─ Escherichia coli (3-112/293) M718 ┌────────────────────────┤└─ Escherichia coli (12-112/293) K12 (43) ┌───┤ └─ Escherichia coli (12-112/293) TA143 │ └────────────────────────────┬─ Escherichia coli (2-111/141) OP50 │ └┬─ Escherichia coli (2-111/293) K12 (82) ┌───┤ └┬─ Escherichia coli (2-111/293) 042 (7) │ │ └─ Escherichia coli (2-111/293) MS 21-1 │ └────────────────────────────────┬─ Escherichia coli (4-118/311) WV_060327 (32) │ └┬─ Escherichia coli (4-117/311) E24377A (29) │ └─ Escherichia coli (4-118/311) K12 (68) ┌─────┤ ┌─ Escherichia coli (5-114/292) B354 (4) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (5-103/288) IAI39 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (5-114/245) 042 (5) [2] │ │ ┌───────────────┴┬─ Escherichia coli (5-103/281) O157:H7 str. EC869 │ └────┤ └─ Escherichia coli (5-114/292) 1044A (26) │ │ ┌─ Escherichia coli (8-113/298) E110019 (1) │ └───────────────────────────────┤┌─ Escherichia coli (8-113/298) M605 │ └┤ ┌─ Escherichia coli (8-113/298) K12 (100) ┌┤ └┬┴─ Escherichia coli (8-113/298) O103:H2 str. 12009 ││ └┬─ Escherichia coli (8-113/298) 101-1 ││ └┬─ Escherichia coli (8-113/296) 83972 (3) ││ └┬─ Escherichia coli (8-113/298) 536 (18) ││ └─ Escherichia coli (8-113/312) NC101 ││ ┌─ Escherichia coli (1-121/324) K12 (127) ││ ┌───────────────────────────┴─ Escherichia coli (1-121/324) MS 21-1 │└──┤ ┌───────────────────── Escherichia coli (1-118/320) MS 146-1 │ │ │ ┌─ Escherichia coli (5-115/301) K12 (78) │ └───────┤ ┌┴─ Escherichia coli (5-114/301) 2362-75 (26) ┌─┤ │ ┌────────────────────────────────────────────┴─ Escherichia coli (5-115/301) 1044A (24) │ │ └─────────┤ ┌─ Escherichia coli (5-111/291) H299 │ │ └────────────────┤ ┌─ Escherichia coli (5-111/293) E2348/69 (2) │ │ │┌┴─ Escherichia coli (5-111/293) WV_060327 (23) │ │ └┤┌─ Escherichia coli (5-111/293) K12 (51) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (5-111/293) SMS-3-5 │ │ └┬┴─ Escherichia coli (5-111/291) FVEC1302 (3) │ │ └┬─ Escherichia coli (5-111/293) B185 │ │ └┬─ Escherichia coli (5-111/293) O157:H7 EDL933 (1) │ │ └─ Escherichia coli (5-111/293) 1044A (44) │ └──────────────────┬─ Escherichia coli (1-110/305) K12 (132) │ └─ Escherichia coli (1-110/305) O55:H7 str. CB9615 │ ┌─ Escherichia coli (8-119/312) B088 │ ┌┴─ Escherichia coli (8-119/312) O111:H- str. 11128 │ ┌┴─ Escherichia coli (8-119/312) K12 (128) │ ┌┴─ Escherichia coli (8-119/312) MS 21-1 │ ┌────────────────┴─ Escherichia coli (8-119/312) MS 115-1 │ ┌──────────────────┴─────────────────── Escherichia coli (11-122/309) 53638 │ ┌───────────┴────────┬─ fig|6666666.5357.peg.1333 TY-2482 (1-117/302) strain (3) [2] │ │ └┬─ Escherichia coli (1-117/302) B171 (17) │ │ └┬─ Escherichia coli (1-117/302) FVEC1302 (3) │ ┌───┤ └┬─ Escherichia coli (1-117/302) MS 69-1 │ │ │ └─ Escherichia coli (1-117/302) K12 (74) │ │ │ ┌──────────────────────────── Escherichia coli (3-114/311) MS 119-7 │ │ └──┤ ┌────────────────────────────────── Escherichia coli (16-124/312) ABU 83972 │ │ └────┤ ┌─ Escherichia coli (57-170/354) M718 │ │ └─────────────────┤┌─ Escherichia coli (57-170/354) O157:H7 EDL933 (25) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (57-170/354) APEC O1 (47) │ │ └┬┴─ Escherichia coli (57-170/354) B7A (9) │ │ └┬─ Escherichia coli (10-123/307) O111:H- str. 11128 │ ┌─┤ └┬─ Escherichia coli (57-170/354) MS 21-1 (1) │ │ │ └─ Escherichia coli (57-170/354) K12 (8) │ │ │ ┌─ Escherichia coli (5-113/308) B7A (1) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-113/308) MS 69-1 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-113/308) K12 (120) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-113/308) O157:H7 str. EC4486 │ │ │ ┌───────────────────────┴─ Escherichia coli (1-113/308) 2362-75 (2) │ │ │ ┌┴─────────────────── Escherichia coli (2-115/296) B7A (7) │ │ └────┤ ┌─ Escherichia coli (1-108/310) B171 [2] ┤ │ └─────────────────────┤┌─ Escherichia coli (1-108/310) HS (1) │ │ └┤ ┌─ fig|6666666.5357.peg.2190 TY-2482 (4-115/317) strain (102) │ ┌─┤ │┌┴─ Escherichia coli (1-108/310) B354 │ │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (25-136/338) 53638 (1) │ │ │ │┌┴─ Escherichia coli (4-115/317) MS 187-1 │ │ │ └┤┌─ Escherichia coli (4-115/317) SMS-3-5 │ │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (4-115/317) SE15 │ │ │ └┬┴─ Escherichia coli (1-108/310) M605 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-108/310) K12 │ │ │ └─ Escherichia coli (4-115/317) BW2952 (6) │ │ │ ┌───────────────────────────── Escherichia coli (6-111/279) K12 (132) │ │ │ │ ┌─ Escherichia coli (29-141/324) MS 198-1 (1) │ │ └───────┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-113/296) FVEC1302 (1) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (3-113/297) K12 (87) │ │ └─────────────────┤ ┌─ Escherichia coli (24-136/319) UTI89 (7) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (3-113/296) MS 21-1 (16) │ ┌─┤ └┬┴─ Escherichia coli (29-141/324) E24377A (8) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (29-141/325) 53638 (2) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (3-113/296) IAI1 (2) │ │ │ └─ Escherichia coli (3-113/296) B354 │ │ │ ┌─ Escherichia coli (11-128/315) CFT073 (14) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-118/305) MS 185-1 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-118/305) MS 21-1 │ │ │ ┌┴┬─ fig|1040638.4.peg.3536 O104:H4 (1-118/305) str. LB226692 (8) │ │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-118/305) MS 196-1 │ │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli (1-118/305) K12 (74) │ │ │ ┌┤└─ Escherichia coli (1-118/278) 2362-75 (12) │ │ │ ┌────────────────┤└─ Escherichia coli (1-118/305) ETEC H10407 │ │ │ │ └─ Escherichia coli (11-128/315) APEC O1 (1) │ │ │ │ ┌─ Escherichia coli (1-112/296) K12 (103) │ │ └───┤ ┌───────────┴─ Escherichia coli (1-112/296) E22 (1) │ │ │ │ ┌─ Escherichia coli (5-120/294) B354 (29) │ │ │ │ ┌┴─ fig|1040638.4.peg.2817 O104:H4 (5-120/294) str. LB226692 (2) │ │ └───────┤ ┌┴┬─ Escherichia coli (5-120/294) K12 (15) │ │ │ ┌─┤ └─ Escherichia coli (5-120/294) E22 (2) │ │ │ ┌───────────────┤ └─ Escherichia coli (5-120/294) 83972 (10) │ │ └──────────┤ └─ Escherichia coli (4-120/294) IAI39 (1) │ │ │ ┌─ Escherichia coli (3-102/297) EC4100B │ │ └────┤ ┌─ Escherichia coli (3-102/297) B171 (1) └─┤ │ ┌┴─ Escherichia coli (3-102/297) E22 (2) │ └┬┴─ Escherichia coli (3-102/297) K12 (89) │ └┬─ Escherichia coli (3-102/297) SMS-3-5 │ └┬─ Escherichia coli (3-102/297) FVEC1302 (5) │ └┬─ Escherichia coli (3-102/297) E2348/69 (1) │ └┬─ Escherichia coli (3-102/297) 83972 (12) │ └─ Escherichia coli (3-102/297) ED1a (12) │ ┌─ Escherichia coli (7-121/307) MS 119-7 (1) │ ┌┴─ Escherichia coli (1-102/288) MS 78-1 │ ┌┴─ Escherichia coli (13-121/307) O157:H7 str. EC4486 (25) │ ┌┴─ Escherichia coli (5-113/299) K12 (53) │ ┌┴─ Escherichia coli (13-121/307) 042 (1) │ ┌┴─ Escherichia coli (13-121/307) E22 (9) │ ┌─────────────────┴─ Escherichia coli (5-113/299) TA280 │ │ ┌─ Escherichia coli (22-122/303) O111:H- str. 11128 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (22-122/303) M605 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (22-122/303) K12 (90) │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (22-122/303) MS 196-1 │ │ ┌──────────────────────────┤ └─ Escherichia coli (22-122/303) H736 │ │ ┌────┤ └─ Escherichia coli (22-122/335) B171 │ │ │ └─────────────┬─ Escherichia coli (8-119/305) O157:H7 str. EC4042 │ │ ┌─────┤ └─ Escherichia coli (8-119/305) K12 (120) │ │ │ └────────────────────┬─ Escherichia coli (16-122/311) K12 (25) │ │ ┌─────┤ └─ Escherichia coli (16-122/314) 536 (34) └──┤ │ │ ┌─ Escherichia coli (8-115/301) 2362-75 (2) │ │ └──────────────────────────────┬┴─ Escherichia coli (8-115/301) MS 69-1 │ │ └┬─ Escherichia coli (8-115/301) F11 (1) │ │ └─ Escherichia coli (8-115/298) 101-1 (32) │ │ ┌─ Escherichia coli (11-119/310) K12 (125) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (11-119/310) MS 124-1 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (11-119/310) EC4100B │ │ ┌┴─ Escherichia coli (11-119/310) B354 │ │ ┌──────────────────┴─ Escherichia coli (11-119/310) ETEC H10407 │ │ ┌─────────┴──────────┬─ Escherichia coli (7-109/307) K12 (7) │ │ ┌───┤ └─ fig|1040638.4.peg.3875 O104:H4 (7-117/307) str. LB226692 (96) └─────┤ │ └─────────────────── Escherichia coli (2-114/155) O157:H7 str. EC4024 │ ┌──┤ ┌─────────────────────── Escherichia coli (1-116/294) O157:H7 str. EC4024 │ │ └────┬┴──────────────────────────── Escherichia coli (2-123/318) TA206 │ │ └───────────────────────────┬─ Escherichia coli (10-116/298) B354 │ │ └┬─ Escherichia coli (10-116/298) FVEC1302 (5) │ │ └─ Escherichia coli (10-116/298) B185 │ │ ┌─ Escherichia coli (7-115/304) O111:H- str. 11128 (8) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (7-115/304) E110019 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (7-115/304) 042 (1) │ │ ┌┴─ fig|1040638.4.peg.5493 O104:H4 (7-115/304) str. LB226692 (12) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (7-115/304) K12 (94) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (7-115/304) APEC O1 (10) └──┤ ┌────────────┴─ Escherichia coli (7-115/304) M605 │ ┌─┴──────┬───────────────────── Escherichia coli (3-114/133) O157:H7 str. EC4024 │ │ └──────────────────┬─ Escherichia coli (1-109/303) ED1a (1) │ │ └┬─ fig|1040638.4.peg.1827 O104:H4 (1-109/303) str. LB226692 (109) │ │ └┬─ Escherichia coli (1-109/303) O157:H7 EDL933 │ │ └┬─ Escherichia coli (3-115/309) K12 (18) │ │ └─ Escherichia coli (3-115/309) O157:H7 EDL933 │ │ ┌─ Escherichia coli (15-121/308) 1125A (15) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (15-121/308) 1044A (8) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (15-121/308) O55:H7 str. CB9615 │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (36-142/329) 042 (12) └────┤ ┌┤ └─ Escherichia coli (15-121/308) B354 │ ┌┤└─ Escherichia coli (36-142/329) 2362-75 (2) │ ┌───────────────────┤└─ Escherichia coli (36-142/329) WV_060327 │ ┌──┤ └─ Escherichia coli (15-121/308) 536 (22) │ │ └─────────┬─ Escherichia coli (11-113/302) IAI39 (1) │ │ └┬─ Escherichia coli (11-113/302) SE11 (1) │ │ └┬─ fig|1040638.4.peg.4749 O104:H4 (11-113/302) str. LB226692 (34) │ │ └┬─ Escherichia coli (11-105/107) H736 (1) │ │ └─ Escherichia coli (11-115/302) K12 (21) │ │ ┌─ Escherichia coli (8-114/252) O157:H7 str. FRIK2000 (24) └───────┤ ┌┴─ Escherichia coli (8-125/294) O55:H7 str. CB9615 │ ┌┴─ Escherichia coli (8-125/294) B185 │ ┌─┴┬─ Escherichia coli (8-125/294) 042 (1) │ ┌────────────────┤ └─ Escherichia coli (8-125/294) B354 (8) │ │ └─ Escherichia coli (14-126/295) 101-1 │ │ ┌─ Escherichia coli (5-119/299) K12 (26) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (5-113/115) 53638 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (5-119/299) ETEC H10407 └──────┤ ┌┴─ Escherichia coli (5-119/299) 1044A (29) │ ┌┴┬─ Escherichia coli (5-119/299) B185 │ │ └┬─ Escherichia coli (5-119/299) MS 185-1 │ ┌───────────┤ └─ Escherichia coli (5-119/299) H299 (39) │ │ └─ fig|1040638.4.peg.4093 O104:H4 (5-119/299) str. LB226692 (28) └─────┤ ┌─ Escherichia coli (7-109/297) TA280 │ │ ┌─ Escherichia coli (7-117/223) 536 (4) └─────────┤ ┌┴─ Escherichia coli (20-130/315) CFT073 (3) │ ┌┴─ Escherichia coli (7-109/297) MS 45-1 └┬┴─ Escherichia coli (7-109/297) 83972 (5) └┬─ Escherichia coli (7-109/297) 2362-75 (3) └┬─ Escherichia coli (7-109/297) SMS-3-5 └┬─ Escherichia coli (7-109/297) B185 (1) └┬─ Escherichia coli (2-96/284) TA206 └┬─ Escherichia coli (21-123/311) 042 (24) └─ Escherichia coli (32-142/154) MS 200-1
| Transcriptional regulator, LysR family | (16) |
| Putative transcriptional regulator LYSR-type | (15) |
| LysR family transcriptional regulator YnfL | (14) |
| Putative LysR-like transcriptional regulator | (12) |
| LysR family transcriptional regulator YbhD | (10) |
| LysR family transcriptional regulator YfiE | (9) |
| LysR family transcriptional regulator YneJ | (9) |
| HTH-type transcriptional regulator IlvY | (9) |
| Nitrogen assimilation regulatory protein Nac | (8) |
| LysR family transcriptional regulator YdcI | (7) |
| LysR family transcriptional regulator YcjZ | (7) |
| Cyn operon transcriptional activator | (7) |
| Transcriptional regulator LysR family, yafC | (6) |
| LysR family transcriptional regulator YfeR | (5) |
| Threonine catabolic operon transcriptional activator TdcA | (5) |
| Xanthosine operon regulatory protein XapR, LysR family | (5) |
| LysR family transcriptional regulator STM2281 | (5) |
| Regulatory protein (induces abgABT, used to catabolize p-aminobenzoyl-glutamate) | (4) |
| hypothetical protein | (4) |
| LysR family transcriptional regulator YeiE | (4) |
| Others | (43) |