┌─ Escherichia coli (1-274/293) 1044A (23) ┌┴─ Escherichia coli (1-274/293) O157:H7 EDL933 (1) ┌┴┬─ Escherichia coli (1-274/293) B185 ┌┤ └─ Escherichia coli (1-274/293) M718 │└┬─ Escherichia coli (1-274/293) B7A (2) ┌┤ └─ Escherichia coli (1-274/293) B171 (16) │└┬─ Escherichia coli (1-274/293) EC4100B ┌┤ └─ fig|1040638.4.peg.4278 O104:H4 (1-274/293) str. LB226692 (12) ┌┤└─ Escherichia coli (1-274/293) 53638 (1) │└┬─ Escherichia coli (3-274/293) ETEC H10407 ┌┤ └─ Escherichia coli (1-274/293) K12 (23) │└─ Escherichia coli (1-274/293) B354 (4) ┌┤ ┌─ Escherichia coli (1-274/293) SMS-3-5 │└┬┴─ Escherichia coli (1-274/293) MS 21-1 │ └┬─ Escherichia coli (1-274/293) SE15 │ └┬─ Escherichia coli (1-274/293) 536 (22) ┌┤ └┬─ Escherichia coli (1-274/293) WV_060327 ││ └┬─ Escherichia coli (1-274/293) E2348/69 (1) ││ └─ Escherichia coli (1-274/293) 2362-75 ┌─────────────────────────────┤└┬─ Escherichia coli (1-274/291) FVEC1302 (3) │ │ └─ Escherichia coli (1-274/291) H299 ┌───────┤ └─ Escherichia coli (1-274/291) 042 (1) │ └───────────────────────────────────────────── Escherichia coli (1-277/297) TA206 │ ┌─ Escherichia coli (1-280/293) K12 (80) │ ┌┴─ Escherichia coli (1-280/293) MS 21-1 ┌───┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-280/293) O111:H- str. 11128 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-280/293) 042 (6) │ │ ┌───────────────────────┴─ Escherichia coli (1-280/293) B354 │ │ │ ┌─ Escherichia coli (4-294/311) 042 (1) │ └────────┤ ┌┴─ Escherichia coli (4-294/311) MS 69-1 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (4-294/311) FVEC1302 (5) │ │ │ ┌─ Escherichia coli (4-294/311) MS 185-1 │ └──────────────────────────────────┤ ┌┴─ Escherichia coli (4-294/311) 83972 (11) │ │┌┴┬─ Escherichia coli (4-294/311) WV_060327 │ └┤ └─ Escherichia coli (4-294/311) 2362-75 (18) ┌────┤ └┬─ Escherichia coli (4-294/311) B185 (1) │ │ └┬─ fig|1040638.4.peg.2736 O104:H4 (4-294/311) str. LB226692 (28) │ │ └┬─ Escherichia coli (4-294/311) MS 182-1 (1) │ │ └┬─ Escherichia coli (4-294/311) E24377A (3) │ │ └┬─ Escherichia coli (4-294/311) O157:H7 EDL933 (1) │ │ └─ Escherichia coli (4-294/311) 1044A (23) │ │ ┌─ Escherichia coli (1-282/293) O26:H11 str. 11368 │ │ │ ┌─ Escherichia coli (1-282/293) M718 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (16-297/308) 1044A (25) │ └───────────────────────────────────────┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-282/293) B185 │ │ ┌┴─ fig|1040638.4.peg.3008 O104:H4 (1-282/293) str. LB226692 (3) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (16-297/308) B171 (15) │ │┌┴─ Escherichia coli (1-282/293) ETEC H10407 ┌─┤ └┤┌─ Escherichia coli (16-297/308) B088 │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (1-282/293) FVEC1302 (3) │ │ │┌┴─ Escherichia coli (16-297/308) 042 (1) │ │ └┤┌─ Escherichia coli (16-297/308) EC4100B │ │ └┤┌─ Escherichia coli (1-282/293) K12 (24) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (1-282/293) H299 (3) │ │ └┬┴─ Escherichia coli (1-282/293) ED1a (1) │ │ └┬─ Escherichia coli (1-282/293) NC101 │ │ └┬─ Escherichia coli (1-282/293) 2362-75 (2) │ │ └┬─ Escherichia coli (1-282/293) APEC O1 (6) │ │ └─ Escherichia coli (1-282/293) 536 (12) ┌─┤ │ ┌─ Escherichia coli (27-304/323) B185 │ │ └───────────────────────────────────────────┤┌─ Escherichia coli (27-304/323) IAI39 (2) │ │ ││ ┌─ Escherichia coli (27-304/323) O111:H- str. 11128 │ │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (27-304/323) K12 (16) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (27-304/323) E110019 (1) │ │ │┌┴─ fig|1040638.4.peg.2153 O104:H4 (27-304/323) str. LB226692 (32) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (27-304/323) M605 (1) │ │ └┬┴─ Escherichia coli (27-304/323) 2362-75 (2) │ │ └┬─ Escherichia coli (27-304/323) 1827-70 (4) │ │ └┬─ Escherichia coli (27-304/323) 1044A (25) │ │ └─ Escherichia coli (27-304/323) 53638 (1) │ └─────────────────────────────────────── Escherichia coli (1-288/311) MS 119-7 │ ┌─ Escherichia coli E22 (2) │ ┌┴─ Escherichia coli B171 (1) │ ┌┴─ Escherichia coli O111:H- str. 11128 (1) │ ┌┴┬─ Escherichia coli KO11 (2) │ │ └┬─ Escherichia coli 53638 (1) │ ┌┤ └─ Escherichia coli K12 (22) │ ┌┤└─ Escherichia coli E110019 (1) │ │└┬─ fig|1040638.4.peg.3641 O104:H4 str. LB226692 (3) │ ┌┤ └─ Escherichia coli 042 (48) │ ┌┤└─ Escherichia coli MS 21-1 │ ┌┤└─ Escherichia coli EC4100B │ │└┬─ Escherichia coli SMS-3-5 │ ┌┤ └─ Escherichia coli B354 │ ┌┤└─ Escherichia coli MS 115-1 │ ┌────────────┤└─ Escherichia coli O83:H1 str. NRG 857C (1) │ │ └┬─ Escherichia coli FVEC1302 (5) │ │ └┬─ Escherichia coli ED1a (1) │ │ └┬─ Escherichia coli 2362-75 (10) │ ┌──────┤ └┬─ Escherichia coli 83972 (12) │ │ │ └─ Escherichia coli E2348/69 (1) │ │ │ ┌── Escherichia coli (7-292/294) IAI39 (1) │ │ └─────────────────────┤ ┌─ Escherichia coli (8-292/294) K12 (15) ┤ │ └───┬┴─ Escherichia coli (8-292/294) TA143 │ ┌────┤ └┬─ Escherichia coli (8-292/294) TA271 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (8-292/294) H591 (7) │ │ │ └┬─ fig|1040638.4.peg.2817 O104:H4 (8-292/294) str. LB226692 (2) │ │ │ └─ Escherichia coli (8-292/294) E22 (2) │ ┌───────────┤ └───────────────────────────┬─ Escherichia coli (2-289/295) B354 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (2-289/295) FVEC1302 (5) │ │ │ └─ Escherichia coli (2-289/295) TA280 │ │ │ ┌─ Escherichia coli (2-284/297) TA280 │ │ └─────────────────────┤┌─ Escherichia coli (2-284/297) IAI39 (3) │ │ └┤┌─ Escherichia coli (1-283/296) B354 (2) │ │ └┤┌─ Escherichia coli (32-314/327) 042 (6) │ ┌──┤ └┤┌─ Escherichia coli (1-283/296) K12 (15) │ │ │ └┤ ┌─ fig|1040638.4.peg.2965 O104:H4 (2-284/297) str. LB226692 (65) │ │ │ └┬┴─ Escherichia coli (1-283/296) E22 (1) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (2-284/297) B185 │ │ │ └─ Escherichia coli (23-305/318) B7A (4) │ │ │ ┌─ Escherichia coli (4-282/299) TA280 │ │ │ │ ┌─ Escherichia coli (4-282/299) K12 (13) │ │ └────────────────────────────┤┌┴─ Escherichia coli (4-282/299) B185 (2) │ │ ││┌─ Escherichia coli (12-290/307) MS 69-1 (18) │ │ └┤│ ┌─ Escherichia coli (12-290/307) 042 (1) │ │ ││ ┌┴─ Escherichia coli (12-290/307) FVEC1302 (3) │ │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (12-290/307) TA143 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (4-282/299) B354 │ │ │┌┴─ Escherichia coli (16-294/311) MS 115-1 (2) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (1-271/288) MS 78-1 │ │ │┌┴─ Escherichia coli (4-282/299) IAI39 (3) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (12-290/307) MS 119-7 (4) │ │ └┬┴─ Escherichia coli (12-290/307) E22 (9) │ │ └┬─ Escherichia coli (4-282/299) O55:H7 str. CB9615 │ │ └─ Escherichia coli (12-290/307) O157:H7 str. EC4486 (24) │ │ ┌─ Escherichia coli (1-292/317) SMS-3-5 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-292/317) B185 (1) └──┤ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-285/310) M605 │ ┌┤ └─ Escherichia coli (1-292/317) SE15 │ │└┬─ Escherichia coli (1-292/317) IAI1 (1) │ ┌┤ └─ fig|6666666.5357.peg.2190 TY-2482 (1-292/317) strain (92) │ ┌┤└─ Escherichia coli (22-313/338) 53638 (1) │ ┌┤└─ Escherichia coli (1-292/317) MS 21-1 │ │└┬─ Escherichia coli (1-292/317) E24377A (2) │ ┌┤ └─ Escherichia coli (1-285/310) HS (1) │ │└┬─ Escherichia coli (1-292/317) MS 187-1 │ ┌┤ └─ Escherichia coli (1-292/317) MS 115-1 │ │└┬─ Escherichia coli (1-285/310) K12 │ ┌┤ └─ Escherichia coli (1-292/317) BW2952 (6) │ ┌───────────────────────┤└─ Escherichia coli (1-285/310) B354 │ ┌┤ └─ Escherichia coli (1-285/310) B171 [2] │ ┌─────────┤└─────────────────────── Escherichia coli (1-282/308) MS 116-1 (1) │ │ └───────────────────────────── Escherichia coli (1-284/296) B7A (7) │ │ ┌─ Escherichia coli (10-287/312) MS 116-1 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (10-287/312) MS 115-1 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (10-287/312) MS 21-1 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (10-287/312) K12 (120) │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (10-287/312) O111:H- str. 11128 │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli (10-287/312) B088 │ │ │└┬─ Escherichia coli (10-287/312) IAI1 (1) └───┤ ┌─────────────────┤ └┬─ Escherichia coli (10-287/312) M605 (1) │ │ │ └─ Escherichia coli (10-287/312) B354 │ ┌───────────────┤ └─ Escherichia coli (10-287/312) O26:H11 str. 11368 │ ┌──────────────┤ └──────────────────── Escherichia coli (13-285/309) 53638 │ ┌──┤ └───────────────────── Escherichia coli (5-284/302) HS (1) │ │ └────────────────────────────────────────────── Escherichia coli (4-291/293) H591 (2) │ │ ┌─ Escherichia coli (12-280/310) K12 (68) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (12-280/310) O103:H2 str. 12009 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (12-280/310) O55:H7 str. CB9615 │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (12-280/310) M605 (1) └──────┤ │ └┬─ Escherichia coli (12-280/310) 042 (37) │ ┌┤ └─ Escherichia coli (12-280/310) 2362-75 │ ┌┤└─ Escherichia coli (12-280/310) 536 (4) │ ┌┤└─ Escherichia coli (12-280/310) WV_060327 │ ┌─────────────────────────┤└─ Escherichia coli (12-280/310) 83972 (4) │ │ └─ Escherichia coli (12-280/310) MS 185-1 └─────────────────────┤ ┌─ Escherichia coli (7-275/308) TA280 │ │ ┌─ Escherichia coli (7-275/308) 2362-75 (16) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (7-275/308) APEC O1 (7) └────────────────────┤ ┌┴─ Escherichia coli (7-275/308) O83:H1 str. NRG 857C (1) │ ┌┴─ Escherichia coli (7-275/308) H299 │┌┴─ Escherichia coli (7-275/308) NC101 (1) └┤┌─ Escherichia coli (7-275/308) K12 (69) └┤┌─ Escherichia coli (7-275/308) MS 119-7 └┤┌─ Escherichia coli (7-275/308) HS (1) └┤ ┌─ Escherichia coli (7-275/308) FVEC1302 (3) └┬┴─ Escherichia coli (7-275/308) B185 └┬─ Escherichia coli (7-275/308) O103:H2 str. 12009 └─ fig|6666666.5357.peg.4889 TY-2482 (7-275/308) strain (11)
| LysR family transcriptional regulator YnfL | (22) |
| LysR family transcriptional regulator YneJ | (21) |
| LysR family transcriptional regulator YfiE | (17) |
| LysR family transcriptional regulator YbhD | (15) |
| Cyn operon transcriptional activator | (15) |
| Transcriptional activator protein LysR | (12) |
| DNA-binding transcriptional activator of the allD operon | (12) |
| Threonine catabolic operon transcriptional activator TdcA | (10) |
| LysR family transcriptional regulator YhjC | (10) |
| Hypothetical lysR-family transcriptional regulator YdhB | (10) |
| Hca operon (3-phenylpropionic acid catabolism) transcriptional activator HcaR | (8) |
| Xanthosine operon regulatory protein XapR, LysR family | (6) |
| LysR family transcriptional regulator YeiE | (5) |
| LysR family transcriptional regulator YfeR | (1) |
| putative transcriptional regulatory protein, LysR family | (1) |
| Transcriptional regulator, LysR family | (1) |
| Regulatory protein (induces abgABT, used to catabolize p-aminobenzoyl-glutamate) | (1) |
| Malonate utilization transcriptional regulator | (1) |
| LysR family transcriptional regulator near succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase | (1) |
| HTH-type transcriptional regulator tdcA | (1) |
| Others | (9) |