┌─ Escherichia coli (3-288/297) 83972 (12) ┌┴─ Escherichia coli (3-288/297) ED1a (1) ┌┴─ Escherichia coli (3-288/297) 2362-75 (10) ┌┴─ Escherichia coli (3-288/297) E2348/69 (1) ┌┴─ Escherichia coli (3-288/297) FVEC1302 (5) ┌┴─ Escherichia coli (3-288/297) O83:H1 str. NRG 857C (1) ┌┴─ Escherichia coli (3-288/297) MS 115-1 ┌┴┬─ Escherichia coli (3-288/297) SMS-3-5 ┌┤ └─ Escherichia coli (3-288/297) B354 │└┬─ Escherichia coli (3-288/297) 53638 (1) ┌┤ └─ Escherichia coli (3-288/297) K12 (22) │└┬─ Escherichia coli (3-288/297) 042 (50) │ └┬─ Escherichia coli (3-288/297) EC4100B ┌┤ └┬─ Escherichia coli (3-288/297) B171 (1) ││ └─ Escherichia coli (3-288/297) E22 (2) ┌┤└┬─ fig|1040638.4.peg.3641 O104:H4 (3-288/297) str. LB226692 (3) ││ └─ Escherichia coli (3-288/297) KO11 (2) ┌──────────────┤└─ Escherichia coli (3-288/297) O111:H- str. 11128 (1) │ └─ Escherichia coli (3-288/297) MS 21-1 ┌───────┤ ┌── Escherichia coli (7-289/294) IAI39 (1) │ └─────────────────────┤ ┌─ Escherichia coli (8-283/294) 2362-75 │ │ │ ┌─ Escherichia coli (13-288/299) CFT073 (1) │ └────┤ ┌┴─ Escherichia coli (8-283/294) 83972 (3) │ │┌┴─ Escherichia coli (8-283/294) 536 (4) │ └┤┌─ Escherichia coli (8-283/294) MS 21-1 │ └┤┌─ Escherichia coli (8-283/294) APEC O1 (15) │ └┤ ┌─ Escherichia coli (8-294/294) TA143 ┌───┤ │ ┌┴─ Escherichia coli (8-283/294) B354 │ │ └┬┴─ Escherichia coli (8-283/294) H299 │ │ └┬─ Escherichia coli (8-294/294) K12 (15) │ │ └┬─ Escherichia coli (8-294/294) H591 (7) │ │ └┬─ Escherichia coli (8-294/294) TA271 │ │ └┬─ fig|1040638.4.peg.2817 O104:H4 (8-294/294) str. LB226692 (2) ┌─────────┤ │ └─ Escherichia coli (8-294/294) E22 (2) │ │ └───────────────────────┬─ Escherichia coli (1-293/295) B354 │ │ └┬─ Escherichia coli (1-293/295) TA280 │ │ └─ Escherichia coli (1-293/295) FVEC1302 (5) │ │ ┌─ Escherichia coli TA280 │ └───────────────────┤┌─ Escherichia coli 042 (5) [2] │ ││ ┌─ Escherichia coli (22-318/318) SMS-3-5 │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli IAI39 (2) │ │┌┴─ Escherichia coli H299 (1) │ └┤┌─ Escherichia coli B354 │ ││ ┌─ Escherichia coli (22-318/318) str. K-12 substr. DH10B │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli K12 (4) │ │┌┴─ Escherichia coli BW2952 (9) │ ││ ┌─ fig|6666666.5357.peg.2605 TY-2482 strain (26) │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (31-327/327) ATCC 8739 (1) ┌──┤ │ ┌┴─ Escherichia coli B7A [3] │ │ └┬┴─ Escherichia coli B185 │ │ └┬─ fig|1040638.4.peg.2965 O104:H4 str. LB226692 (28) │ │ └┬─ Escherichia coli MS 182-1 (2) │ │ └┬─ Escherichia coli B171 (4) │ │ └─ Escherichia coli (22-318/318) E22 [2] │ │ ┌─ Escherichia coli (14-287/301) FVEC1412 (2) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (14-287/301) TA280 │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (14-287/301) 042 (1) │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli (14-287/301) B354 (6) │ │ │└┬─ Escherichia coli (14-287/301) 1044A (25) │ │ ┌─────────────────────────────────────────────┤ └─ Escherichia coli (14-287/301) B185 │ │ ┌─────────┤ └─ Escherichia coli (14-287/301) M718 │ │ │ └──────────────────────────────────────────────┬─ Escherichia coli (1-296/298) B354 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-296/298) FVEC1302 (4) │ └─┤ └┬─ Escherichia coli (1-296/298) B185 │ │ └─ Escherichia coli (1-296/298) MS 21-1 │ │ ┌─ Escherichia coli (29-310/326) MS 146-1 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-282/301) H736 │ └─────────────────────────┤┌─ Escherichia coli (1-293/299) K12 (13) │ └┤┌─ Escherichia coli (1-293/299) B185 (1) │ └┤┌─ Escherichia coli (1-293/299) M718 │ ││ ┌─ Escherichia coli (9-301/307) 042 (1) │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (9-301/307) FVEC1302 (3) ┌──┤ │ ┌┴─ Escherichia coli (9-301/307) TA143 │ │ │┌┴─ Escherichia coli (1-293/299) IAI39 (2) │ │ └┤┌─ Escherichia coli (1-293/299) ATCC 8739 (2) │ │ └┤┌─ Escherichia coli (1-293/299) MS 21-1 │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (9-301/307) B088 (18) │ │ │┌┴─ Escherichia coli (1-293/299) B354 │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (1-282/288) MS 78-1 │ │ │┌┴─ Escherichia coli (1-293/299) TA280 │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (1-293/299) H591 (4) │ │ └┬┴─ fig|1040638.4.peg.5351 O104:H4 (1-293/299) str. LB226692 (9) │ │ └┬─ Escherichia coli (1-293/299) 1044A (24) │ │ └─ Escherichia coli (1-293/299) O55:H7 str. CB9615 │ │ ┌─ Escherichia coli (1-282/317) FVEC1302 (3) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-282/317) B354 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-282/317) 042 (51) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-282/317) K12 (56) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-282/317) 83972 (12) │ │ ┌──────────────────────┴─ Escherichia coli (1-282/317) M718 │ │ ┌────────────────┴───────────────────────────────┬─ Escherichia coli (8-301/302) 1044A (25) │ │ │ └─ Escherichia coli (8-301/302) MS 21-1 (1) │ │ │ ┌─ Escherichia coli (8-281/298) 101-1 (25) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (8-281/301) WV_060327 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (8-281/301) ED1a (1) │ └──┤ ┌┴┬─ Escherichia coli (8-281/301) NC101 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (8-281/301) MS 69-1 │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli (8-281/301) 2362-75 (2) │ │ ┌──────────────────────────┤└─ Escherichia coli (8-281/301) APEC O1 (2) │ │ │ └─ Escherichia coli (8-281/301) F11 (1) │ │ │ ┌─ Escherichia coli (1-298/308) TA280 │ └──────────────────────────┤ │ ┌─ Escherichia coli (1-298/308) HS (1) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-298/308) ETEC H10407 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-298/308) MS 119-7 │ └──────────────────┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-298/308) SMS-3-5 │ │┌┴┬─ Escherichia coli (1-298/308) K12 (65) │ ││ └─ Escherichia coli (7-298/308) ATCC 8739 (1) │ ││ ┌─ fig|6666666.5357.peg.4889 TY-2482 (1-298/308) strain (11) │ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-298/308) E110019 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-298/308) O103:H2 str. 12009 │ │┌┴┬─ Escherichia coli (1-298/308) B185 │ └┤ └─ Escherichia coli (1-298/308) FVEC1302 (3) │ └┬─ Escherichia coli (1-298/308) NC101 (1) ┤ └┬─ Escherichia coli (1-298/308) H299 │ └┬─ Escherichia coli (1-298/308) O83:H1 str. NRG 857C (1) │ └┬─ Escherichia coli (1-298/308) APEC O1 (7) │ └─ Escherichia coli (1-298/308) 2362-75 (16) │ ┌─ Escherichia coli (10-296/312) IAI1 (1) │ ┌┴─ Escherichia coli (10-296/312) MS 115-1 │ ┌┴─ Escherichia coli (10-296/312) K12 (120) │ ┌┴┬─ Escherichia coli (10-296/312) B088 │ │ └┬─ Escherichia coli (10-296/312) MS 116-1 (1) │ ┌┤ └─ Escherichia coli (10-296/312) O111:H- str. 11128 │ │└┬─ Escherichia coli (10-296/312) B354 │ ┌┤ └─ Escherichia coli (10-296/312) MS 21-1 │ ┌──────────────────┤└─ Escherichia coli (10-296/312) M605 (1) │ ┌──────────────┤ └─ Escherichia coli (10-296/312) O26:H11 str. 11368 │ ┌───────────────────┤ └───────────────────── Escherichia coli (13-301/309) 53638 │ │ └──────────────────────┬─ fig|6666666.5357.peg.1333 TY-2482 (5-285/302) strain (21) │ │ └┬─ Escherichia coli (5-285/302) B7A (2) │ │ └┬─ Escherichia coli (5-285/302) HS (1) │ ┌───┤ └┬─ Escherichia coli (5-285/302) M605 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (5-285/302) E110019 (1) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (5-285/302) 101-1 (52) │ │ │ └─ Escherichia coli (5-285/302) K12 (7) │┌──────┤ └─────────────────────────────────── Escherichia coli (3-289/311) MS 119-7 ││ │ ┌─ Escherichia coli (25-311/338) B171 (3) [2] ││ │ │ ┌─ Escherichia coli (1-283/310) B354 ││ └────────────────────────────────┤┌┴─ Escherichia coli (1-283/310) HS (1) ││ ││ ┌─ Escherichia coli (4-290/317) SE15 ││ └┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-283/310) M605 ││ │ ┌┴─ Escherichia coli (4-290/317) SMS-3-5 ││ │┌┴┬─ Escherichia coli (1-283/310) K12 ││ └┤ └─ Escherichia coli (4-290/317) BW2952 (6) ││ │┌─ Escherichia coli (4-290/317) B185 (1) ││ └┤ ┌─ Escherichia coli (4-290/317) E24377A (2) ││ └┬┴─ Escherichia coli (25-311/338) 53638 (1) ││ └┬─ Escherichia coli (4-290/317) MS 187-1 ││ └┬─ Escherichia coli (4-290/317) MS 115-1 ││ └┬─ fig|6666666.5357.peg.2190 TY-2482 (4-290/317) strain (92) ││ └┬─ Escherichia coli (4-290/317) MS 21-1 ││ └─ Escherichia coli (4-290/317) IAI1 (1) ││ ┌─ Escherichia coli (4-284/311) O157:H7 EDL933 (1) ││ ┌┴─ Escherichia coli (4-284/311) 1044A (23) ││ ┌┴─ Escherichia coli (4-284/311) E24377A (3) └┤ ┌┴─ Escherichia coli (4-284/311) K12 (9) │ ┌┴─ fig|1040638.4.peg.2736 O104:H4 (4-284/311) str. LB226692 (42) │ ┌┴┬─ Escherichia coli (4-284/311) H736 (1) │ ┌┤ └─ Escherichia coli (4-284/311) MS 182-1 (1) │ ┌┤└─ Escherichia coli (4-292/311) B354 │ ┌┤└─ Escherichia coli (4-284/311) WV_060327 │ ┌┤└─ Escherichia coli (4-284/311) 2362-75 (18) │ ┌┤└─ Escherichia coli (4-284/311) 83972 (11) │ ┌──────────────────────────────────┤└─ Escherichia coli (4-284/311) MS 185-1 │ │ └┬─ Escherichia coli (4-284/311) FVEC1302 (5) │ │ └┬─ Escherichia coli (4-284/311) MS 69-1 │ │ └─ Escherichia coli (4-284/311) 042 (1) │ │ ┌─ Escherichia coli (1-282/293) E2348/69 (1) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-282/293) 2362-75 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-282/293) WV_060327 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-282/293) 536 (22) │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-282/293) ETEC H10407 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (1-283/293) 1827-70 (4) │ │ │ └─ Escherichia coli (1-282/293) K12 (18) │ │ ┌┤ ┌─ Escherichia coli (1-282/291) 042 (1) └───┤ ││┌┴─ Escherichia coli (1-282/293) SE15 │ │└┤ ┌─ Escherichia coli (1-282/293) MS 21-1 │ ┌┤ └┬┴─ Escherichia coli (1-282/291) FVEC1302 (3) │ ││ └┬─ Escherichia coli (1-282/293) SMS-3-5 │ ┌┤│ └─ Escherichia coli (1-282/293) B354 (4) │ ││└─ Escherichia coli (1-282/291) H299 │ │└─ Escherichia coli (1-282/293) 53638 (1) │ ┌──────────────────────────┤ ┌─ Escherichia coli (1-282/293) EC4100B │ │ │┌┴─ fig|1040638.4.peg.4278 O104:H4 (1-282/293) str. LB226692 (12) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (1-282/293) B171 (16) │ │ └┬┴─ Escherichia coli (1-282/293) B7A (2) │ │ └┬─ Escherichia coli (1-282/293) B185 └───┤ └┬─ Escherichia coli (1-282/293) M718 │ └┬─ Escherichia coli (1-282/293) O157:H7 EDL933 (1) │ └─ Escherichia coli (1-282/293) 1044A (23) │ ┌─ Escherichia coli (1-292/293) O26:H11 str. 11368 │ │┌─ Escherichia coli (15-307/308) B088 └──────────────────────────────────────┤│ ┌─ Escherichia coli (1-288/293) M718 ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-288/293) O157:H7 (1) └┤ ┌┴─ Escherichia coli (15-303/308) 1044A (23) │┌┴─ Escherichia coli (1-288/293) B185 ││ ┌─ Escherichia coli (1-292/293) ETEC H10407 ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-288/293) MS 115-1 └┤ ┌┴─ Escherichia coli (15-307/308) B171 (2) │┌┴─ Escherichia coli (1-292/293) B171 (12) ││ ┌─ fig|1040638.4.peg.3008 O104:H4 (1-292/293) str. LB226692 (3) └┤┌┴─ Escherichia coli (15-303/308) B7A (1) [2] ││ ┌─ Escherichia coli (1-288/293) FVEC1302 (3) ││┌┴─ Escherichia coli (15-303/308) 042 [2] └┤│ ┌─ Escherichia coli (1-288/293) B354 ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-288/293) TA280 ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-288/293) MS 69-1 └┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-288/293) TA143 │ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-288/293) MS 21-1 │┌┤ └─ Escherichia coli (1-288/293) SMS-3-5 ││└─ Escherichia coli (15-307/308) EC4100B └┤ ┌─ Escherichia coli (15-307/308) 53638 (3) │┌┴─ Escherichia coli (1-292/293) K12 (20) └┤ ┌─ Escherichia coli (1-288/293) H299 (3) │┌┴─ Escherichia coli (1-288/293) ED1a (1) └┤┌─ Escherichia coli (1-288/293) NC101 └┤ ┌─ Escherichia coli (15-303/308) E2348/69 (1) └┬┴─ Escherichia coli (1-288/293) 2362-75 └┬─ Escherichia coli (15-303/308) CFT073 (1) └┬─ Escherichia coli (1-288/293) 536 (10) └─ Escherichia coli (15-303/308) APEC O1 [2]
| LysR family transcriptional regulator YfiE | (30) |
| LysR family transcriptional regulator YneJ | (22) |
| LysR family transcriptional regulator YnfL | (21) |
| Cyn operon transcriptional activator | (18) |
| LysR family transcriptional regulator YbhD | (15) |
| Hca operon (3-phenylpropionic acid catabolism) transcriptional activator HcaR | (15) |
| DNA-binding transcriptional activator of the allD operon | (15) |
| Xanthosine operon regulatory protein XapR, LysR family | (14) |
| Transcriptional activator protein LysR | (14) |
| Threonine catabolic operon transcriptional activator TdcA | (10) |
| Hypothetical lysR-family transcriptional regulator YdhB | (8) |
| Putative LysR-like transcriptional regulator | (7) |
| Regulatory protein (induces abgABT, used to catabolize p-aminobenzoyl-glutamate) | (6) |
| Transcriptional activator MetR | (6) |
| hypothetical protein | (4) |
| Putative transcriptional regulator | (2) |
| Hypothetical lysR-family transcriptional regulator YbbS | (1) |
| Transcriptional regulator, LysR family | (1) |
| HTH-type transcriptional regulator tdcA | (1) |
| Others | (11) |