┌─ Escherichia coli (4-314/327) APEC O1 (9) ┌┴─ Escherichia coli (4-314/327) ED1a (2) ┌┴─ Escherichia coli (4-314/327) 2362-75 (2) ┌┴┬─ Escherichia coli (4-314/327) F11 (3) ┌┤ └─ Escherichia coli (4-314/327) H299 ┌┤└─ Escherichia coli (4-314/327) 83972 (5) ┌┤└─ Escherichia coli (4-314/327) O83:H1 str. NRG 857C ┌┤└─ Escherichia coli (4-314/327) NC101 ┌┤└─ Escherichia coli (4-314/327) 536 (1) ┌┤└─ Escherichia coli (4-314/327) TA280 │└┬─ Escherichia coli (4-314/327) MS 115-1 ┌┤ └─ Escherichia coli (4-314/327) B354 │└┬─ Escherichia coli (4-314/327) O157:H7 EDL933 [2] ┌┤ └─ Escherichia coli (4-314/327) 1044A (24) │└┬─ Escherichia coli (4-314/327) MS 69-1 │ └┬─ Escherichia coli (4-314/327) 042 (6) ┌┤ └─ Escherichia coli (4-314/327) B185 ││ ┌─ Escherichia coli (4-314/327) MS 124-1 (1) │└┬┴─ Escherichia coli (4-314/327) B171 (1) ┌┤ └┬─ Escherichia coli (4-314/327) TA271 ││ └─ fig|1040638.4.peg.2229 O104:H4 (4-314/327) str. LB226692 (20) ┌┤└┬─ Escherichia coli (4-314/327) 53638 (1) ││ └─ Escherichia coli (4-314/327) K12 (22) ┌───────────────────────────────────────────────────────┤└─ Escherichia coli (16-326/339) 1827-70 (6) │ └─ Escherichia coli (4-314/327) O111:H- str. 11128 │ ┌─ Escherichia coli (3-331/336) SMS-3-5 │ ┌─────┴─ Escherichia coli (3-331/336) E24377A (1) │┌──────────────────────────────────────────────────────┴── Escherichia coli (3-319/336) M718 (3) ││ ┌─ Escherichia coli F11 (2) ││ ┌┴─ Escherichia coli 536 (1) ││ ┌┴─ Escherichia coli M718 ││ ┌┴─ Escherichia coli B7A (1) ││ ┌┴─ fig|1040638.4.peg.970 O104:H4 str. LB226692 (9) ││ ┌┴─ Escherichia coli MS 196-1 ││ ┌┴─ Escherichia coli K12 (19) ││ ┌┴┬─ Escherichia coli MS 145-7 ││ │ └┬─ Escherichia coli APEC O1 (5) ││ ┌─────────────────────────┤ └┬─ Escherichia coli ED1a (2) ││ │ │ └─ Escherichia coli 83972 (9) ││ ┌──────────────────────┤ └─ Escherichia coli MS 124-1 (1) ││ │ │ ┌─ Escherichia coli M718 ││ │ └───────────┤ ┌─ Escherichia coli 042 (53) ┤│ │ │┌┴─ Escherichia coli APEC O1 (6) ││ │ └┤┌─ Escherichia coli 101-1 (7) ││ │ └┤ ┌─ Escherichia coli MS 21-1 ││ ┌─────┤ │┌┴─ Escherichia coli MS 185-1 ││ │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli O157:H7 EDL933 (1) ││ │ │ └┬┴─ Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B ││ │ │ └┬─ Escherichia coli 1044A (41) ││ │ │ └─ fig|1040638.4.peg.2021 O104:H4 str. LB226692 (13) ││ │ │ ┌─ Escherichia coli (5-332/342) 83972 (5) ││ │ └───────────────────────────────────────┤┌─ Escherichia coli (5-325/342) APEC O1 (6) ││ │ └┤┌─ Escherichia coli (5-332/342) ED1a (4) ││ │ └┤┌─ Escherichia coli (5-332/342) M605 (1) ││ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (5-332/342) 536 (4) ││ │ │┌┴─ Escherichia coli (5-332/342) E110019 (1) ││ │ └┤┌─ Escherichia coli (5-332/342) 1125A (12) ││ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (5-315/325) FVEC1412 (1) ││ ┌──┤ └┬┴─ Escherichia coli (5-332/342) B354 (2) ││ │ │ └┬─ Escherichia coli (5-332/342) M718 ││ │ │ └┬─ fig|1040638.4.peg.3669 O104:H4 (5-332/342) str. LB226692 (53) └┤ │ │ └┬─ Escherichia coli (5-332/342) MS 21-1 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (5-332/342) K12 (20) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (5-332/342) MS 115-1 │ │ │ └┬─ Escherichia coli (5-332/342) 101-1 (5) │ │ │ └─ Escherichia coli (5-315/325) 1827-70 │ │ │ ┌─ Escherichia coli (3-319/334) DH1 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (3-319/334) FVEC1412 (1) │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (3-319/334) K12 (125) │ │ │ ┌─────────────────────────────────────────────────┴─ Escherichia coli (3-319/334) 1125A (1) │ │ │ │ ┌─ Escherichia coli (2-315/315) 042 (1) │ │ └───────┤ ┌┴─ Escherichia coli (2-315/315) TA143 │ │ │ │ ┌─ Escherichia coli (2-315/315) 1044A (4) │ │ └───────────────────────────────────────────────┤ ┌┴─ Escherichia coli (2-315/315) O157:H7 EDL933 (1) │ │ │┌┴─ Escherichia coli (2-303/315) 1125A (21) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (2-315/315) MS 145-7 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (2-315/315) ED1a (1) │ │ └┬┴─ Escherichia coli (2-315/315) 536 (12) │ │ └┬─ fig|1040638.4.peg.942 O104:H4 (2-315/315) str. LB226692 (54) │ │ └┬─ Escherichia coli (2-315/315) B088 (16) │ │ └┬─ Escherichia coli (2-315/315) 101-1 (2) │ │ └┬─ Escherichia coli (2-315/315) TA280 │ │ └─ Escherichia coli (2-315/315) K12 (8) │ │ ┌─ Escherichia coli (1-326/327) H591 (2) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-326/327) E24377A (7) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (1-326/327) M605 (1) │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (1-326/327) APEC O1 (7) │ │ ┌┤ └─ Escherichia coli (1-326/327) B str. REL606 (2) │ │ │└┬─ Escherichia coli (4-329/330) K12 (91) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (4-329/330) ATCC 8739 (1) │ │ ┌────────────────┤ └┬─ Escherichia coli (1-326/327) 1212A (1) │ │ │ │ └─ Escherichia coli (1-326/327) B354 │ │ ┌───────────┤ └─ Escherichia coli (1-326/327) 2362-75 │ │ │ └─────────────────┬─ Escherichia coli (4-321/341) E24377A (1) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (4-321/341) K12 (75) │ │ │ └┬─ Escherichia coli (4-321/341) 2362-75 (13) └────┤ ┌────┤ └─ Escherichia coli (4-321/341) ABU 83972 (3) │ │ │ ┌─ Escherichia coli (1-320/341) MS 115-1 │ │ │ │ ┌─ Escherichia coli (1-320/341) MS 69-1 │ │ └──────────────────────────┤ ┌┴─ Escherichia coli (1-320/341) M605 │ │ │┌┴─ Escherichia coli (1-309/330) SE15 │ │ └┤┌─ Escherichia coli (1-320/341) ED1a (1) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (14-322/343) 042 (51) │ │ │┌┴─ Escherichia coli (1-309/330) H736 (1) │ ┌────┤ └┤┌─ Escherichia coli (1-320/341) K12 (61) │ │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (1-320/341) 2362-75 (1) │ │ │ └┬┴─ Escherichia coli (14-322/343) E2348/69 │ │ │ └┬─ fig|1040638.4.peg.1350 O104:H4 (1-309/330) str. LB226692 (3) │ │ │ └─ Escherichia coli (1-320/341) 55989 (2) │ │ │ ┌──────── Escherichia coli (3-324/336) O157:H7 str. EC4024 │ │ │ │ ┌─ Escherichia coli (3-317/332) 1044A (24) │ │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (3-317/332) O55:H7 str. CB9615 │ │ └────────────────────────────────────┤ │ ┌─ Escherichia coli (3-317/332) 2362-75 (14) │ │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (3-317/332) NC101 │ │ │ │ ┌┴┬─ Escherichia coli (3-317/332) M605 │ │ └───┤ ┌┤ └─ Escherichia coli (3-317/332) SE15 │ │ │ │└─ Escherichia coli (3-317/332) ED1a (2) │ │ │┌┤ ┌─ Escherichia coli (3-317/332) SMS-3-5 │ │ ││└┬┴─ Escherichia coli (3-317/332) MS 21-1 │ │ └┤ └┬─ Escherichia coli (3-317/332) APEC O1 (6) │ │ │ └─ Escherichia coli (3-317/332) WV_060327 │ │ │┌─ fig|1040638.4.peg.4084 O104:H4 (3-317/332) str. LB226692 (5) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (3-317/332) MS 196-1 │ │ │┌┴─ Escherichia coli (3-317/332) K12 (25) │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (3-317/332) O111:H- str. 11128 │ │ │ ┌┴─ Escherichia coli (3-317/332) B088 (23) │ │ └┬┴─ Escherichia coli (3-317/332) E110019 (1) │ │ └┬─ Escherichia coli (3-317/332) MS 69-1 │ │ └┬─ Escherichia coli (3-330/332) M718 │ │ └┬─ Escherichia coli (3-317/332) IAI39 (1) │ │ └┬─ Escherichia coli (3-317/332) H299 │ │ └─ Escherichia coli (3-317/332) TA280 │ │ ┌─ Escherichia coli (13-331/350) 536 (10) │ │ ┌┴─ Escherichia coli (7-318/337) F11 │ │ ┌┴─ Escherichia coli (13-331/350) NC101 └───┤ ┌┴┬─ Escherichia coli (7-318/337) H299 │ │ └┬─ Escherichia coli (13-331/350) HS [2] │ ┌┤ └─ Escherichia coli (13-331/350) 101-1 (5) │ ┌┤└─ fig|1040638.4.peg.2577 O104:H4 (13-331/350) str. LB226692 (6) │ │└┬─ Escherichia coli (13-331/350) MS 21-1 │ ┌┤ └┬─ Escherichia coli (7-318/337) O157:H7 (4) │ ││ └─ Escherichia coli (13-331/350) 1044A (20) │ ┌┤└─ Escherichia coli (13-331/350) MS 69-1 │ │└┬─ Escherichia coli (13-331/350) B354 │ ┌┤ └┬─ Escherichia coli (21-339/358) 042 [2] │ ││ └─ Escherichia coli (13-331/350) TA143 │ │└┬─ Escherichia coli (7-318/337) K12 (8) │ ┌┤ └┬─ Escherichia coli (13-331/350) 1827-70 (16) │ ││ └┬─ Escherichia coli (13-331/350) O111:H- str. 11128 (1) │ ┌┤│ └─ Escherichia coli (13-331/350) B185 │ ││└─ Escherichia coli (13-331/350) H591 (4) │ ┌┤└─ Escherichia coli (7-318/337) B171 (3) │ │└┬─ Escherichia coli (13-331/350) O83:H1 str. NRG 857C (1) │ ┌┤ └─ Escherichia coli (13-331/350) IAI39 (1) │ │└┬─ Escherichia coli (7-318/337) SMS-3-5 │ ┌───────────────────────────┤ └─ Escherichia coli (13-331/350) FVEC1302 (3) │ │ └┬─ Escherichia coli (7-318/337) B088 (5) │ │ └─ Escherichia coli (13-331/350) B7A (4) │ ┌──────────┤ ┌─ fig|1040638.4.peg.3225 O104:H4 (4-314/346) str. LB226692 (3) │ │ │ │ ┌─ Escherichia coli (4-314/346) 101-1 │ │ └──────────────────────────┤ ┌┴─ Escherichia coli (4-314/346) O111:H- str. 11128 │ │ │┌┴─ Escherichia coli (4-314/346) B185 │ │ └┤ ┌─ Escherichia coli (4-314/346) 1044A (25) │ │ └┬┴─ Escherichia coli (6-316/348) 042 (40) │ │ └┬─ Escherichia coli (4-314/346) B7A (6) │ │ └─ Escherichia coli (4-314/346) K12 (12) └──┤ ┌─ fig|1040638.4.peg.2778 O104:H4 (4-319/331) str. LB226692 (19) │ ┌┴─ Escherichia coli (4-319/331) SE11 │ ┌┴┬─ Escherichia coli (2-305/317) O127:H6 str. E2348/69 │ ┌┤ └─ Escherichia coli (35-350/362) E2348/69 (2) │ ┌┤└─ Escherichia coli (25-340/352) B354 │ │└┬─ Escherichia coli (4-319/331) E24377A (15) │ ┌────────────────────────────────────────────────┤ └─ Escherichia coli (4-319/331) FVEC1412 (3) │ │ └─ Escherichia coli (4-319/331) 1125A (27) └─────┤ ┌─ Escherichia coli (1-320/356) MS 116-1 │ ┌────────────────┴─ Escherichia coli (1-320/356) H736 └────────────────────┤ ┌─ Escherichia coli (2-310/367) O157:H7 str. EC4042 │ │┌─ Escherichia coli (2-318/360) 2362-75 (22) └─────────────────────┤│┌─ Escherichia coli (1-321/363) E2348/69 (4) │││ ┌─ Escherichia coli (2-318/360) M605 └┤│ ┌┴─ Escherichia coli (2-318/360) H299 ││ ┌┴─ Escherichia coli (2-318/360) 536 (8) ││ ┌┴─ Escherichia coli (1-321/363) APEC O1 └┤ ┌┴┬─── Escherichia coli (2-318/360) CFT073 │ │ └┬─ Escherichia coli (2-318/360) 83972 (7) │┌┤ └─ Escherichia coli (2-318/360) TA206 ││└─ Escherichia coli (2-318/360) O83:H1 str. NRG 857C ││ ┌─ fig|1040638.4.peg.5358 O104:H4 (2-318/360) str. LB226692 (5) └┤ ┌┴─ Escherichia coli (2-318/360) MS 115-1 │ ┌┴─ Escherichia coli (2-318/360) B088 (6) │ ┌┴─ Escherichia coli (1-316/320) E22 │┌┴─ Escherichia coli (2-318/360) TA143 └┤┌─ Escherichia coli (1-321/363) 042 (1) └┤ ┌─ Escherichia coli (2-318/360) MS 21-1 │ ┌┴─ Escherichia coli (2-318/360) SMS-3-5 └┬┴─ Escherichia coli (2-318/360) FVEC1302 (3) └┬─ Escherichia coli (1-321/363) HS [2] └┬─ Escherichia coli (1-321/363) K12 (1) └┬─ Escherichia coli (1-321/363) E24377A [2] └─ Escherichia coli (2-318/360) 1827-70 (29)
| Transcriptional repressor of the lac operon | (25) |
| AscBF operon repressor | (25) |
| Evolved beta-D-galactosidase transcriptional repressor | (24) |
| Transcriptional regulator YcjW, LacI family, possibly involved in maltodextrin utilization pathway | (21) |
| Maltose regulon regulatory protein MalI (repressor for malXY) | (15) |
| Trehalose operon transcriptional repressor | (12) |
| Transcriptional (co)regulator CytR | (11) |
| Positive regulator of L-idonate catabolism | (11) |
| Ribose operon repressor | (10) |
| Gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor | (9) |
| Sucrose specific transcriptional regulator CscR, LacI family | (7) |
| Mgl repressor and galactose ultrainduction factor GalS, HTH-type transcriptional regulator | (7) |
| Fructose repressor FruR, LacI family | (4) |
| Purine nucleotide synthesis repressor | (4) |
| Putative ThuR, regulatory protein for trehalosemaltose transport | (3) |
| hypothetical transcriptional regulator YcjW | (1) |
| Others | (11) |